建立科室成本管控體系，是加強現代化醫院管理科學化、專業化、精細化的重要手段。強化管控分析成本范疇內涵管理成本是為了完成特定的成本管理目的，如成本預測、成本決策、成本計劃、成本控制、成本分析和成本考核等，提供有用的成本管理信息。它是在充分動員和組織全體人員，在保證質量的前提下，對整個運營過程的各個環節要求科學合理的管理，力求以最少的耗費取得最大的經營效果，它要求系統而全面、科學和合理。責任成本是以具體的責任部門為對象，以其承擔的責任為范圍所歸集的成本，也就是責任單位當期發生的可控成本之和。責任成本是按照誰負責誰承擔的原則，通過將責任成本與標準成本或目標成本進行比較，確定成本管理、控制的任務。

根據責任成本管理目的不同，可將醫院責任部門劃分為利潤中心、準利潤中心、準成本中心、成本中心。在全成本核算系統中，可以計算出臨床服務類科室的收入、成本及結余情況，科室負責人應對本部門的業務量、收入和成本進行合理預測、控制，因此該類科室應作為利潤中心控制。確定目標設計成本管控指標，科室成本管控指標設計的原則包括全面性、重要性、收支配比、因地制宜和SMART原則（具體化、可度量、可實現性、相關性、時間要求）等臨床、醫技類科室是直接為患者提供服務的部門，是醫院的主要創收科室，在醫院中起到了主要作用，自然在成本消耗上也占據較大的比重，所以要重點關注。醫輔、行管類科室雖然沒有直接為患者服務，但間接參與了為患者服務的過程，其服務的價值通過直接科室的服務得以體現，成本分攤到直接科室上，最終通過醫療服務項目收費得到補償。過程監控建立成本管控流程，醫院要統一領導，健全組織機構，明確工作職責，合理劃分成本核算單元，確定及規范業務流程，整合醫院信息系統，確保以醫院成本控制為基礎的經濟與運營管理控制體系。成本控制應實行院長負責制，成立由各級分管部門負責人為成員的成本控制領導小組，建立以財務部門為中心、成本會計人員具體負責、相關部門進行協作的工作運行機制。財務部門負責成本管理的主體作用，各臨床、醫技、醫輔和行政科室履行成本控制的職責，按照“全員參與”原則，將指標分解落實到各部門、各崗位人員共同實施。全面成本管控流程包括成本目標制定、成本審批、成本執行控制、成本分析、成本反饋考核等環節。科室全成本核算實現了對各項成本消耗的詳細控制以及資源優化配置、投入產出的詳細分析，同時實現了對各科室真實經營狀況的了解，為科學編制預算計劃、跟蹤預算執行提供現實數據，為醫院的績效考評體系提供考評依據，從而貫穿成本核算、分析、控制、預測、計劃及成本考核的全過程。